舞臺是在廢棄的土地上建造的城鎮·洲籠市。住在這座曾以未來型都市而繁榮的城鎮的高中生·阿形勝平，不知為何擁有著感覺不到疼痛的不可思議身體。在暑假近在眼前的某天，勝平在謎之少女·園崎法子的引領下，被選為共享疼痛的同伴“Kiznaiver”之一。以及，同樣以“Kiznaiver”身份被聯系起來的同班同學們。但，他們原本各自屬于從未交流過的集團。 園崎說“這是，將充滿紛爭的世界導向和平的實驗。”與這番話語同時，眾多的試煉降臨到他們的身上。背負著各自的傷痛，少年少女們的夏日物語由此開始！