本作講述在浮游城“艾恩葛朗特”從第一層開始往上攻略的故事，這是“閃光”與“黑衣劍士”在被如此稱呼之前的故事。某一天，偶然戴上NERvGear的結城明日奈，原本是與網絡游戲無緣的初中三年級少女。游戲管理員告知。“這雖然是游戲，但可不是鬧著玩的。”在游戲中的死亡，與現實中的死亡直接相關。聽到這一消息的所有玩家都很混亂，游戲內到處都是凄慘的叫聲。其中之一的亞絲娜，在不了解世界的規則的情況下，踏上了看不到頂的鋼鐵浮游城“艾恩葛朗特”的攻略之路。在和死亡作伴的世界里生存下去的過程中，亞絲娜遇見了命運般的“邂逅”。以及，“離別”...