獨眼少年皐月驅在五年前一場不明原因的自殺中失去了唯一的姐姐。皐月驅從此一蹶不振，幸虧有和他一起長大的水奈瀬由佳的照顧，皐月驅慢慢恢復了平靜的心態，但是他從此對任何人和事都不再關心，對未來也不再抱有任何希望，終日渾渾噩噩的渡日。就這樣兩人進入了新興都市綾女丘市虹陵館學園就讀，由佳一如既往的照顧著驅，兩人的關系也再無進展，然而命運弄人，在毫無征兆的情況下，世界改變了。漆黑的月如墨一樣照耀著大地，空中被染上血色，街道上人的氣息消失了，寂靜包圍了這個無人的廢墟一樣的世界。在這個發生了翻天覆地變化的世界里，只有驅和由佳被籠罩在巨大的黑色月光底..